Противодействие коррупции является приоритетным направлением деятельности Главной военной прокуратуры.
С целью реализации положений статьи 36 Конвенции ООН против коррупции, с учетом того, что проявления коррупции могут наблюдаться в различных сферах жизнедеятельности органов военного управления в ноябре 2007 г. в Главной военной прокуратуре создано специализированное подразделение - отдел надзора (за исполнением законодательства о противодействии коррупции) Главной военной прокуратуры. Аналогичные подразделения созданы в военных прокуратурах округов (флотов).
В соответствии с приказом Генеральной прокуратуры Российской Федерации от 7 мая 2008 года № 84 «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур» к компетенции отдела надзора Главной военной прокуратуры и структурных подразделений на местах отнесены вопросы надзора за исполнением законодательства о противодействии коррупции органами военного управления и должностными лицами воинских частей, учреждений и организаций федеральных органов исполнительной власти, в которых законом предусмотрена военная служба, а также иными ведомствами и организациями в соответствии с возложенными полномочиями.
Подразделения по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции в военных прокуратурах округов (флотов) находятся в подчинении военных прокуроров, организационно их деятельность по указанным направлениям координируется отделом надзора (за исполнением законодательства о противодействии коррупции) Главной военной прокуратуры.
В соответствии с приказами Генерального прокурора Российской Федерации от 2 октября 2007 года № 154 «Об утверждении Инструкции о порядке формирования подразделений по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции и привлечения их работников к дисциплинарной ответственности» и заместителя Генерального прокурора Российской Федерации - Главного военного прокурора от 19 октября 2007 года № 233 «Об утверждении Инструкции о порядке комплектования в органах военной прокуратуры подразделений по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции и привлечения их прокурорских работников к дисциплинарной ответственности» (с изменениями) для обеспечения гарантий независимости при выполнении возложенных обязанностей и предупреждения фактов неправомерного служебного поведения работников специализированных подразделений установлена особая процедура их назначения на должность и освобождения от должности. Назначение на должности проводится только после тщательного изучения личности кандидата, который должен обладать безупречным послужным списком и соответствующей репутацией. Отбор кандидатур как в структурные подразделения военных прокуратур округов (флотов), так и в отдел надзора Главной военной прокуратуры происходит на специальной комиссии. Состав комиссии в Главной военной прокуратуре утвержден приказом заместителя Генерального прокурора Российской Федерации - Главным военным прокурором от 14 февраля 2011 года № 24 (с изменениями), возглавляет её первый заместитель Главного военного прокурора.
Все отобранные прокурорские работники, как в военных прокуратурах округов (флотов), так и в Главной военной прокуратуре назначаются на должность приказом заместителя Генерального прокурора Российской Федерации - Главного военного прокурора.